Η λειτουργία μιας στήλης απόσταξης απαιτεί έλεγχο της ισορροπίας υλικού, του ισοζυγίου ατμών-υγρού και της ισορροπίας θερμότητας.
Το ισοζύγιο υλικού αναφέρεται στην αρχή ότι η ποσότητα του υλικού που εισέρχεται στη στήλη ανά μονάδα χρόνου πρέπει να ισούται με το άθροισμα των ποσοτήτων υλικού που εξέρχονται από τη στήλη. Το ισοζύγιο υλικού αντικατοπτρίζει την παραγωγική ικανότητα της στήλης και ρυθμίζεται κυρίως από τον ρυθμό τροφοδοσίας και τους ρυθμούς εκφόρτισης πάνω και κάτω. Κατά τη λειτουργία, οι αλλαγές στην ισορροπία του υλικού αντικατοπτρίζονται ειδικά στο επίπεδο του υγρού στο κάτω μέρος της στήλης. Όταν η λειτουργία της στήλης αποκλίνει από τη συνολική ισορροπία υλικού, μπορεί να αντανακλάται σε αλλαγές στη διαφορά πίεσης της στήλης. Για παράδειγμα, εάν εισέλθει περισσότερο υλικό παρά εξέρχεται, η διαφορά πίεσης της στήλης θα αυξηθεί.
Για μια σταθερή στήλη απόσταξης, η διαφορά πίεσης της στήλης πρέπει να είναι εντός ενός συγκεκριμένου εύρους. Εάν η διαφορά πίεσης είναι πολύ μεγάλη, η ταχύτητα ανόδου των ατμών εντός της στήλης είναι πολύ υψηλή, με αποτέλεσμα την έντονη συμπλοκή της ομίχλης και ακόμη και την πλημμύρα, διαταράσσοντας την κανονική λειτουργία. Εάν η διαφορά πίεσης είναι πολύ μικρή, η ταχύτητα ανόδου των ατμών εντός της στήλης είναι πολύ χαμηλή, μειώνοντας την επίδραση μεταφοράς μάζας αερίου-υγρού στους δίσκους και ακόμη και προκαλώντας διαρροή, μειώνοντας σημαντικά την απόδοση του δίσκου. Ο κακός έλεγχος της ισορροπίας του υλικού μπορεί να οδηγήσει σε χαοτική λειτουργία ολόκληρης της στήλης. Ο έλεγχος της ισορροπίας υλικού είναι μια κρίσιμη πτυχή της λειτουργίας της στήλης. Εάν διαταραχθεί η κανονική ισορροπία υλικών, θα επηρεάσει τις άλλες δύο ισορροπίες: η ισορροπία αερίου-δεν θα επιτύχει το αναμενόμενο αποτέλεσμα και η θερμική ισορροπία θα διαταραχθεί επίσης και πρέπει να προσαρμοστεί εκ νέου.
